Un prieuré-forteresse du Piémont
Dès le milieu du Xe s., on connaît l’existence d’un château à Carpignano - sûrement la résidence fortifiée des seigneurs locaux, les de Calpignano. L’église d’aujourd’hui est édifiée dans le château durant les premières années du XIe siècle, peut-être à l’initiative de cette famille. San Pietro devient la propriété de Saint-Pierre de Rome avant 1100. En 1141, le pape Innocent II la confie au monastère bénédictin de San Pietro de Castelletto Cervo, qui dépend de l’abbaye de Cluny. C’est ainsi que Carpignano devient clunisien. Durant les XIIIe et XIVe s., Carpignano servira régulièrement de refuge au prieur et aux moines de Castelletto, contraints de fuir leur monastère en raison des guerres que se livrent les seigneurs locaux. Ils s’abritent dans les bâtiments jouxtant l’église, protégés par les murs du château. On ne sait pas exactement à quel moment les liens de Carpignano avec Cluny se rompent. Peut-être à la fin du Moyen Âge, après plusieurs siècles prospères et agités, au cours desquels les moines bourguignons ont marqué de leur empreinte l’histoire et le paysage de la région. 
Le charme médiéval retrouvé
San Pietro est nationalisé et mis aux enchères en 1871. Ses propriétaires successifs divisent l’église en caves et magasins : de nombreuses portes d’accès qu’on voit encore dans ses murs extérieurs sont percées. Acquise en 1980 par la Commune, l’église est entièrement restaurée. Sa nef et son bas-côté nord sont voûtées du XIIIe s. et du XVIIe s. - pour les collatéraux -, le bas côté sud conserve, quant à lui, une voûte à croisillons du XIe s., rare exemple subsistant au nord de l’Italie. Des fresques remarquables nous sont parvenues : dans l’abside centrale, le Christ Pantocrator recevant de saint Pierre les clés de l’église à la fin des temps, et l’Eglise personnifiée. 
D’autres, de la période gothique, sont visibles sur un arc entre la nef centrale et le collatéral sud. Les murs extérieurs sont faits de galets du fleuve Sesia, alternant avec de la brique et de la terre cuite de récupération d’époques romaine et médiévale.