C’est vers 960 que le sire de Beaujeu donne à Cluny une ancienne villa du nom de Salles (« lieu où l’on s’arrête »), mot d’origine celte, situé entre les vallons du Beaujolais et la plaine de la Saône. On attribue à saint Odilon la fondation du prieuré Saint-Martin et le début de la construction de l’ensemble monastique (église, bâtiments et cloître), qui se déroule pendant trois siècles : au Xe s., l’arrivée des moines, au XIe s., la construction de l’église en pierres dorées et au XIIe s. celle du cloitre. En 1262, le prieuré ne compte plus que deux moines. C’est alors que l’abbé de Cluny autorise les moniales du prieuré clunisien de Grelonge, situé sur une île de la Saône, à une dizaine de kilomètres de là, et soumis à des inondations récurrentes, à s’installer à Salles en 1301. Le monastère, dont le temporel reste dirigé par un prieur, connaît alors une phase de prospérité au cours de laquelle de nouvelles constructions sont engagées. Bien que des velléités d’indépendance vis-à- vis de Cluny apparaissent au XVIIe s., ce n’est qu’en 1777 que les « dames chanoinesses » se placent sous l’obédience de l’archevêque de Lyon.
Plusieurs siècles de constructions
Après leur éloignement de Cluny, les chanoinesses ont de grands projets de travaux de reconstruction de l’ensemble prieural, prévoyant la destruction du cloître et de la « vieille » église.
C’est la Révolution qui les sauvera en partie ! Ainsi, Salles conserve aujourd’hui de son passé clunisien son ancienne prieurale, avec son chœur du XIe s., son portail occidental du XIIe s. et son clocher à deux étages et à toit à quatre pans. Du cloitre nous est parvenue une seule galerie (du XIIe s.) : sa colonnade est faite d’une alternance de piliers et de deux colonnettes accouplées.
Les moniales ont également légué leur belle salle capitulaire du XVe s., dont la voûte est supportée par un pilier central et qui présente encore des peintures murales (dont saint Odilon et saint Hugues). Du XVe s. encore, cette salle d’entrée bombée, dite « du parloir », ainsi que la porte d’accès du cloître menant au bourg, dans un style gothique flamboyant. L’environnement du prieuré, plein d’intérêt, a conservé l’empreinte de l’organisation sociale des chanoinesses au cours du XVIIIe s., avec le chapitre, sa cour d’honneur et les maisons des chanoinesses.