Un relais clunisien en Bourbonnais
C’est dans une charte énumérant les propriétés de l’abbaye de Mozac que le prieuré de « Sancti Germany de Fossessis » est mentionné par le pape Alexandre III, en 1165. Louis VII le Jeune le cite de nouveau dans une lettre de confirmation des biens de Mozac, en 1169. Le prieuré de Saint-Germain devient donc clunisien en tant que possession de Mozac, qui est donnée à Cluny en 1095. Ce petit prieuré rural de trois à cinq moines est chargé d’exploiter un temporel se répartissant sur plusieurs paroisses voisines, dont le pont Saint-Germain. Les bâtiments souffrent néanmoins d’un cruel manque d’entretien durant les XIVe et XVe s. Parallèlement, les moines de Saint-Germain jouent leur rôle dans les relations tendues de Mozac et de Cluny : en 1294 et en 1403, les visiteurs de l’ordre se voient refuser l’entrée dans le prieuré. Les biens du prieuré sont vendus au titre des biens nationaux en 1791. C’est durant les XVIIe et XVIIIe s. que d’importants travaux de restauration donnent aux bâtiments conventuels l’aspect qu’on leur connaît aujourd’hui. 
Un ensemble prieural composite
Le cloitre (du XIIe s. peut-être) aurait été remplacé par un autre, au XVIe s., qui comportait trois côtés et une galerie supérieure, au moment où le prieur engage des travaux de surélévation des trois ailes du logis prieural. Bien qu’aujourd’hui le prieuré ne comporte plus de cloître, il conserve ses bâtiments conventuels (XVIIe et XVIIIe s) en partie occupés par une communauté monastique. 
On entre dans l’église romane de la fin du XIe s. (dédiée à Notre-Dame) – à la fois chapelle monastique et église paroissiale - par un porche « caquetoué » (du verbe « caqueter », parce qu’on y causait !). Au XVIe s., la découverte dans l’Allier d’une statue de la Vierge sous l’aspect de Notre-Dame de Pitié et son installation dans une chapelle de l’église donnèrent lieu à un culte séculaire et à un pèlerinage annuel qui contribuèrent à la notoriété du lieu ; l’église est d’ailleurs aujourd’hui dédiée à Notre-Dame. 