On ne sait pas à quel moment Montbrison intègre les possessions de Cluny. Une hypothèse évoque la date de 1023 : Léger et Pons donnent en effet alors à l’abbaye des terres, dont l’église d’Altonum, située à deux kilomètres de là. Quoi qu’il en soit, sur ce site occupé par les hommes depuis des millénaires, la plus ancienne église retrouvée remonte au Xe s. : un petit cloitre et des bâtiments conventuels y étaient adjoints. Au XIe s., lorsque Montbrison devient clunisien, une église plus grande, de trois nefs et cinq travées, est construite, avec un nouveau cloître et des bâtiments érigés sur les ruines de la villa gallo-romaine. La première visite qui en est faite connue remonte à 1296. On sait que le prieuré est placé sous la dépendance du grand prieuré clunisien de Saint-Saturnin-du-Port (Pont-Saint-Esprit). A la fin du XIVe s., l’église est détruite par les troupes de Raymond de Turenne. Une chapelle est rebâtie sur ses ruines au début du XVe s. C’est en 1470 qu’y est effectuée la dernière visite, mais des prieurs, alors que la chapelle est paroissiale jusqu’à la Révolution, y sont connus jusqu’en 1788 !
Cluny encore présente
Les vestiges d’occupation du site les plus anciens remontent à la période néolithique. Dès le début du Ier s., l’occupation gallo-romaine débute, avec l’implantation d’un grand domaine rural qui perdurera jusqu’à la fin du VIe s. Les premiers éléments d’une vie religieuse chrétienne datent du VIIe s. L’église du Xe s., la plus ancienne retrouvée, a été partiellement fouillée. Nous conservons d’elle un pilier de chancel à entrelacs des IXe-Xe s. réemployé dans la maçonnerie. L’édifice qui est construit par les Clunisiens, de plus grande envergure, comporte une abside semi-circulaire et deux absidioles. Les murs de son chevet sont ornés de bandes lombardes (XIe s.) et son voûtement est vraisemblablement réalisé au cours du XIIe s. : les piliers cruciformes et leurs marques de tâcherons en sont les témoins. La petite chapelle que nous connaissons aujourd’hui est celle qui est reconstruite au début du XVe s., sur les ruines de cette église en grande partie détruite.