C’est en 1049 que le seigneur Guillaume Arnaud donne à Cluny ses terres de Moyracho. Cette villa, comprenant l’église Sainte-Marie, occupe une position stratégique au-dessus d’Agen, sur le chemin de l’Espagne et de Saint-Jacques. La construction de la nouvelle église prieurale débute entre 1055 et 1070 mais ne s’achèvera que vers 1140.
Cluny est en phase d’expansion à cette époque, sous l’abbatiat d’Hugues de Semur (1049-1109). La dimension des bâtiments atteste qu’une communauté importante était attendue. Mais la présence des Anglais, le développement de l’hérésie cathare (XIIe s.), la guerre de Cent-Ans, les pillages, les disettes et autres épidémies (XIVe s.) ne sont pas un cadre favorable à l’épanouissement escompté. Au XIVe s., Moirax compte quatre moines et les bâtiments sont ruinés au XVe s. Il faut attendre la fin du XVIIe s. pour que de grands travaux de réhabilitation soient entrepris par les moines du mouvement de réforme de l’Étroite Observance : cloître, bâtiments conventuels et église sont rénovés et embellis. La communauté s’accroît, mais la Révolution mettra à bas tous ces efforts, un siècle plus tard, et chassera définitivement les moines de Moirax, après environ 750 ans de présence chaotique.
Une architecture singulière
Le cloître du prieuré a entièrement disparu à l’exception du puits et des traces des arceaux visibles sur les murs. Les bâtiments conventuels reconstruits à la fin du XVIIe s. sont aujourd’hui en partie propriété de la commune et en partie propriété privée. L’ancienne église prieurale garde une silhouette originale avec sa coupole conique en écaille sur le chœur et son clocheton à toiture débordante ajouté à la fin XIXe s. sur le mur occidental. Construite selon un plan cruciforme, l’église Notre-Dame entièrement restaurée présente un intérêt architectural marqué par ses différentes phases de construction du milieu du XIe s. jusqu’au milieu du XIIe s. (1140 environ).
Sa décoration sculptée est un autre de ses attraits ; sa centaine de chapiteaux présente une grande variété d’aspect : des chapiteaux aux décors simples de feuilles et de stries, frisant l’abstraction ; des chapiteaux historiés, maladroits et presque naïfs, et des chapiteaux animaliers, au bestiaire dominé par la figure du lion. A la fin du XVIIe s. les moines font appel au sculpteur Jean Tournier, établi à Gourdon (Lot), pour réaliser les boiseries qui ornent l’église : lambris, caryatides et stalles. Elles furent enlevées du chœur dans les années 1960 pour une remise à niveau du sol et sont maintenant exposées dans les bas-côtés de la nef.
Le chemin clunisien de Guyenne relie le site de Moirax à celui de Moissac, en passant par Saint-Maurin.