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En 987, la duchesse Emma d'Aquitaine décide de fonder un monastère, en guise de repentance, suite à la profanation d’un sanctuaire survenue lors d’une partie de chasse. Située sur la commune de Saint-Pierre-le-Vieux, cette abbaye est transférée en 1003 à Maillezais, dans l’ancienne forteresse des ducs de Poitou, sur volonté de l’abbé Théodelin. L’église est consacrée en 1010. Elle est déclarée dépendance de Cluny en 1058.
Bientôt la nouvelle abbaye Saint-Pierre de Maillezais, grâce aux nombreuses donations des ducs d'Aquitaine, occupe une place majeure en Poitou. Elle en devient même leur panthéon : Guillaume VI et Eudes y sont inhumés, tout comme leur père Guillaume le Grand, mort à Maillezais en 1030. Glorieuse, l’abbaye subit de nombreux pillages et destructions dus à la convoitise des seigneurs voisins, parmi lesquels Geoffroy de Lusignan, réputé pour sa cruauté.
En 1317, l’évêché de Poitiers, le plus vaste du pays, est divisé en trois par le pape Jean XXII : Maillezais, très bien structurée, devient une cité épiscopale, l’abbatiale devenant cathédrale. La guerre de Cent Ans entraîne une série de tourmente, dont l’abbaye se relève grâce à l’action de Geoffroy d’Estissac, qui en fait un véritable centre intellectuel au XVIe siècle. Les déchirements entre catholiques et huguenots durant les guerres de Religion entraînent cependant la ruine du monastère, qui tombe peu à peu dans l’oubli avant d’être vendu comme bien national en 1790.