C’est après son saccage par Louis XI, en 1479, et son retour dans le Saint Empire romain germanique que Dôle, capitale du comté de Bourgogne, devient le théâtre d’un immense chantier de reconstruction. Le prieur majeur de Cluny, Antoine de Roche, originaire de Poligny, désire alors y fonder un collège destiné à former les moines étudiant le droit canon à l’université. Le chantier débute en 1494. Après la mort du fondateur en 1505, Jean de la Madeleine prend sa succession et poursuit les travaux. La chapelle, consacrée en 1520, est placée sous le patronage de saint Jérôme. Dôle rejoint ainsi le petit cercle des collèges clunisiens composés de Paris (pour le royaume de France) et d’Avignon (pour les Etats pontificaux). Aux XVIe et XVIIe s., les bâtiments du collège sont les plus prestigieux de la ville. Après la conquête française, qui entraîne le départ de l’université en 1691, le collège devient un simple monastère jusqu’à la Révolution. Les espaces conventuels sont reconstruits à la fin du XVIIe s. et au début du suivant, selon les plans de Dom Duchesne.
Un décor sculpté d’une admirable qualité
Occupés par les sœurs de la Visitation à partir de 1826, les bâtiments sont vendus à la Ville de Dôle en 1977. De la fin du XVe et du début du XVIe s. subsistent quelques fenêtres, à proximité de l’église, et l’église elle-même. Celle-ci a néanmoins été amputée au XIXe s. pour ménager un passage entre les jardins et le cloître. Les trois travées et l’abside restantes - dont l’architecture est extrêmement proche de celle de la chapelle dite Jean de Bourbon, construite quelques décennies plus tôt dans la grande abbatiale de Cluny – servent d’écrin à un remarquable ensemble statuaire du début du XVIe s. Sur chaque console sculptée à l’effigie d’un prophète se dresse un apôtre, d’une hauteur de 1m40 à 1m60, vraisemblablement issu d’un atelier bourguignon. Reconstitué en 2007, ce programme iconographique presque unique au monde traduit dans la pierre le dialogue entre Ancien et Nouveau Testament. La chapelle abrite aujourd’hui l’Auditorium Karl Riepp et la classe d’orgue du Conservatoire à Rayonnement Départemental.