Une riche dotation savoyarde
Le 1er février 1083, l’évêque de Genève offre à Cluny « l’église Sainte-Marie sise en une localité dite Contamine, avec tous ses biens annexés : serfs des deux sexes, les chapelles et églises, vignes, champs, prés, bois, eaux, canaux, moulins, passages, terrains cultivés ou en friches...» Cette riche dotation permet à une communauté de s’y établir. Une bulle du pape Honorius II y mentionne la présence d’un « monasterium » (entre 1124 et 1130). L’établissement est d’une taille honorable : il abrite en 1279 sept moines, dont le prieur. En 1295, Béatrix de Faucigny, fille de Pierre II de Savoie, autorise la construction d’un nouveau couvent et d’une nouvelle église. Ces bâtiments monastiques ainsi qu’une partie de l’église sont brûlés en 1589 par les Bernois et les Genevois, dans le cadre de leur attaque de la Savoie. Privés de toit, les moines sont contraints de se disperser. Mais c’est officiellement le 7 octobre 1625 que les Clunisiens laissent leur place aux clercs réguliers de Saint Paul (Barnabites) : la bulle du pape Urbain VIII leur signifiant leur départ leur est lue ce jour-là, dans le cimetière, devant l’église.
Une église impressionnante et originale
Le site prieural d’aujourd’hui est le résultat de l’occupation successive de plusieurs communautés monastiques : 542 ans de présence clunisienne, puis 170 ans pour les Barnabites, enfin 62 ans pour la congrégation des Rédemptoristes !... De Cluny, il nous reste essentiellement l’église, au cœur du site, avec sa nef coupée, suite aux saccages perpétrés en 1589. Elle nous donne toutefois une idée de l’ampleur du bâtiment au Moyen Âge. Son architecture est unique : ce sont les disciples de Jacques de Saint-Georges qui reconstruisent l’église en 1295, sur le modèle des châteaux gallois édifiés par cet architecte de génie. En effet, de nombreux savoyards, dont Jacques de Saint-Georges, accompagnèrent Pierre II de Savoie pour aider son neveu par alliance, le roi d’Angleterre Henri III, à mater les barons révoltés. Ainsi, ses fenêtres, de style gothique, présentent de parfaites similitudes avec certains châteaux Outre-Manche ! 
A l’intérieur, les trois travées mènent à un chevet plat. On y découvre des chapiteaux sculptés ainsi que des clés de voûtes et des têtes très intéressantes.
