Clunisien malgré tout
C’est en 1049 que le seigneur Guillaume donne à Cluny ses terres de Moyracho. Cette villa, comprenant l’église Sainte-Marie, occupe une position stratégique au-dessus d’Agen, sur le chemin de l’Espagne et de Saint-Jacques. La construction de la nouvelle église prieurale débute entre 1055 et 1070 mais ne s’achèvera que vers 1140. La dimension des bâtiments atteste qu’une communauté importante était attendue. Mais la présence des Anglais, le développement de l’hérésie cathare (XIIe s.), la guerre de Cent-Ans, les pillages, les disettes et autres épidémies (XIVe s.) ne sont pas un cadre favorable à l’épanouissement escompté. Au XIVe s., Moirax compte quatre moines et les bâtiments sont ruinés au XVe s. Il faut attendre la fin du XVIIe s. pour que de grands travaux de réhabilitation soient entrepris par les moines du mouvement de réforme de l’Etroite Observance : cloître, bâtiments conventuels et église sont rénovés et embellis. La communauté s’accroît, mais la Révolution mettra à bas tous ces efforts, un siècle plus tard, et chassera définitivement les moines de Moirax, après près de 750 ans de présence chaotique.
Une singulière architecture
Le cloître du prieuré Notre-Dame a entièrement disparu ; les bâtiments conventuels reconstruits à la fin du XVIIe s. sont aujourd’hui propriété privée. L’ancienne église prieurale garde une silhouette originale avec sa coupole conique en écaille sur le chœur et son clocheton à toiture débordante rajouté à la fin XIXe s. sur le mur occidental. Construite selon un plan cruciforme, l’église Notre-Dame entièrement restaurée présente un intérêt architectural marqué par ses différentes phases de construction, allant du milieu du XIe s. jusque vers 1140 environ. 
Sa décoration sculptée est un autre de ses attraits ; sa centaine de chapiteaux présente une grande variété d’aspect : des chapiteaux aux décors simples de feuilles et de stries, frisant l’abstraction ; des chapiteaux historiés, maladroits et presque naïfs, et des chapiteaux animaliers, au bestiaire dominé par la figure du lion.
Le chemin clunisien de Guyenne relie le site de Moirax à celui de Moissac, en passant par Saint-Maurin.