Un panthéon royal sous influence clunisienne.
San Juan est fondé par Sanche le Grand, roi de Navarre, vers 1025, sur l’emplacement d’un monastère antérieur déjà dédié à saint Jean-Baptiste. Situé dans un cadre naturel incomparable, sous une grande roche à laquelle il doit son nom, il joue un rôle extraordinaire dans l’histoire monastique de l’ancien royaume d’Aragon.
C’est San Juan qui adopte la règle de saint Benoît de Nursie pour la première fois dans le royaume. Ses relations avec Cluny débutent vers 1071. Bien qu’il n’en devint jamais dépendant, ses rapports avec la grande abbaye sont à l’origine de l’introduction du rite romain – le 22 mars 1071 - dans la péninsule ibérique, en remplacement de la liturgie traditionnelle antérieure, d’origine wisigothique. C’est au cours des XIe et XIIe s. que San Juan acquiert de nombreuses possessions en Aragon et dans le royaume voisin de Navarre, grâce à de nombreuses donations - signe de son succès. La protection royale dont il bénéficie alors en est à l’origine : il est en effet choisi comme premier panthéon de la monarchie aragonaise. En 1675, en raison des mauvaises conditions de logement, la communauté monastique déménage à un peu plus d’un kilomètre de là. Le nouvel établissement créé souffre de l’occupation des troupes napoléoniennes, tandis que l’ancien monastère est respecté. Les moines se maintiennent jusqu’en 1835, date à laquelle l’Etat espagnol les exproprie.
Splendeur de la pierre brute et sculptée
Le monastère ancien a conservé deux églises superposées : l’inférieure est préromane, mais les voûtes de ses absides rectangulaires furent décorées de peintures romanes que l’on considère comme apparentées à celles de la chapelle des moines de Berzé-la-Ville. Elles représentent des scènes du martyre de saint Côme et de saint Damien. 
L’église supérieure est romane - elle fut consacrée le 4 décembre 1094. Sa triple abside est encastrée dans le roc et la nef se couvre de son propre rocher en voûte creusé d’un seul bloc. 
Dans le « Panthéon des Nobles » on peut admirer le meilleur décor funéraire du Moyen-Âge conservé en Aragon. Les inscriptions épigraphiques abondent. Mais on est surtout frappé par le cloître spécial du « Panthéon », dont il subsiste un peu plus de deux ailes. Les plus remarquables des chapiteaux représentent des scènes de la Genèse, de l’enfance du Christ, de saint Jean-Baptiste et de la Passion du Christ. Dans un angle du cloître, une chapelle dédiée à saint Victorien fut construite entre 1426 et 1433, avec une délicate décoration gothique. 
Le panthéon royal, remodelé en style néo-classique, reste également visible. 