Un présent royal bourguignon
A la croisée des routes reliant Lausanne à Berne et Yverdon à Fribourg, une chapelle dédiée à la Vierge est consacrée en 587 par l’évêque Marius, dans sa villa de Paterniaca. Le couvent de chanoines qui en est issu, possession de la famille royale de Bourgogne, est donné à Cluny entre 961 et 968. La vie monacale y apparaît alors. Au XIIIe s. on compte trente moines, vingt vers 1300 et quinze au XVe s. Les abbés de Cluny portent le titre d’abbés de Romainmôtier et de Payerne avant que ces deux maisons ne soient réduites au rang de prieuré au milieu du XIe s., et les dons affluent de la part des rois de Bourgogne puis des empereurs germaniques ; c’est à Payerne que l’empereur Conrad II se fait d’ailleurs couronner roi de Bourgogne en 1033. A partir du XIIe s., les maisons de Habsbourg et de Savoie sont les protectrices du prieuré, qui ne peut plus choisir librement son prieur selon la juridiction germanique. Jusqu’à l’expulsion des moines par la Réforme protestante en 1536, le monastère demeure un haut lieu de la civilisation clunisienne au cœur d’un bourg marchand actif. 
Un site prieural incontournable
Après quatre cent ans d’incurie et de nombreuses destructions (cloître, bâtiments conventuels), les grands restes prieuraux, l’église et l’aile orientale du monastère, ont été minutieusement restaurés. La prieurale, plus grande église de Suisse, fut construite à partir de 1050 selon un schéma clunisien caractéristique et connut peu de modifications postérieures.
L’harmonie des espaces fonctionnelle et symbolique (avant-nef avec chapelle haute dédiée à saint Michel, nef, transept, chœur et chapelles) est rythmée par le décor sculpté des chapiteaux, des bandes lombardes et des atlantes, ainsi que par les peintures de l’avant nef (autour de 1200) et des chapelles (milieu du XVe s.). La salle capitulaire nous est également parvenue.
