Mollens intègre l’Eglise clunisienne au cours du XIIe s. : le monastère voisin de Romainmôtier possède en effet en 1139 son église ainsi que les deux dépendances de Ballens et de Torclens. Mollens est alors un petit monastère vivant des revenus de ses biens fonciers. Il est en 1281 l’objet de tractations entre Romainmôtier et les seigneurs de Mont, qui ont des prétentions dessus. A la même époque se bâtit le village voisin de Morges, qui attire les habitants de Mollens. Tout en bénéficiant des privilèges de Morges, ces derniers entendent garder leurs champs de Mollens. Louis de Savoie et Romainmôtier se mettent d’accord : les indécis doivent choisir entre la ville et les champs ! Nous connaissons l’étendue des biens de Mollens par des reconnaissances des XIVe et XVIe s. qui nous en donnent sans doute une perception déformée : une grange (sans doute à l’emplacement du petit établissement religieux), un pré, des dîmes, des rentes et autres cens provenant de Berolle, Montricher, Pampigny, Ballens, Apples et Villars-Bozon. Un prieur est chargé de la gestion de l’ensemble de ces biens. Seul le nom de l’un d’entre eux nous est parvenu : Nicolas, cité en 1167 !
Un environnement de grande qualité
Mollens est rattaché à Romainmôtier jusqu’au début du XIVe siècle. Ce seront, jusqu’au XVIe siècle, les seigneurs d’Aubonne qui en seront ensuite propriétaires. Terres et village n’accèderont à l’autonomie seigneuriale qu’à la conquête bernoise, en 1542, et son premier seigneur sera Jean Steiger. La quasi-totalité du village est détruite par un incendie en avril 1798, et l’église n’y échappe pas. Celle-ci sera reconstruite avant de connaître un autre incendie, quelques décennies plus tard. L’édifice que nous connaissons aujourd’hui est l’héritier de cette histoire mouvementée. Il se présente dans un village encore agricole, au pied des premiers contreforts du Jura et en arrière d’un vaste plateau de vergers et de champs, qui donne au site un caractère champêtre expliquant sans doute la raison pour laquelle ce grand domaine agricole a été administré pendant presque deux siècles par les moines de Romainmôtier.