Une dépendance jurassienne de Payerne
Sur un versant oriental du massif jurassien, dans un large dévaloir pierreux descendant de la forêt à la plaine, Balmensis (« abri sous roche ») est habité dès la haute Antiquité. 
Au IVe s., un prieuré y aurait été fondé ; une église en bois est citée en 627. Mais c’est à partir du Xe s. que les archives permettent de retrouver la trace de Baulmes : son prieuré Saint-Michel est rattaché en 974 à celui de Payerne - à 37 km de là -, donné lui-même à Cluny quelques années auparavant par le roi Conrad Ier de Bourgogne. Cette donation est confirmée en 1125 et 1205 par les papes Honoré II et Innocent II. L’obédience (« obedentia ») de Baulmes est modeste, mais sa communauté monastique offre l’hospitalité et s’occupe des offices religieux. En 1294, l’union perpétuelle de Baulmes à Payerne est confirmée par l’abbé de Cluny : les deux établissements partagent un seul et même prieur. Mais au cours du XVe s., malgré cette filiation directe, l’état des bâtiments se dégrade fortement. Payerne octroie des franchises aux habitants du bourg en 1432. A leur arrivée sur place en 1536, les Bernois suppriment le prieuré, vraisemblablement très diminué et le culte protestant est imposé le 3 janvier 1537.
Un site dont l’histoire reste à écrire
Bien que l’on ne sache pas aujourd’hui avec précision où se situait le prieuré de Baulmes, on suppose qu’il se trouvait très vraisemblablement à l’emplacement de la cure actuelle. L’église est construite au sommet d’une petite butte qui domine la bourgade. Bien qu’originellement du XIe s., elle subit de malheureuses transformations au cours du XIXe s. (en 1821 et en 1870) qui en changent totalement le caractère. Le clocher est relativement épargné et on peut encore lui trouver du cachet, notamment avec ses fenêtres de style gothique et un arc en ogive de plain-pied par lequel on entre dans le bâtiment. Tout comme pour la majorité des sites clunisiens, le prieuré est indissociable de son bourg et celui de Baulmes présente des monuments témoins de sa longue histoire : en plein cœur du village, une tour datant de 1750, à laquelle est accolée une tourelle semi-circulaire. Mais aussi une maison de la dîme abritant un petit musée régional, avec des collections d’objets témoins de la préhistoire et de la grande époque des artisans ; parmi eux, la copie d’un ambon du VIIe s. !