La fille bourbonnaise de Cluny
Aymard, vassal de Guillaume d’Aquitaine et ancêtre des Bourbon, remet à Cluny ses possessions de Silviniacum vers 915-920. Le monastère, qui abrite les sépultures des Bourbons dès le XIe s., connaît un essor considérable à la suite d’un événement capital : Mayeul, quatrième abbé de Cluny, y meurt le 11 mai 994. Il est immédiatement vénéré comme un saint et son tombeau devient l’objet d’un pèlerinage de plus en plus important. Cinquante cinq ans plus tard, c’est au tour de l’abbé Odilon d’y mourir. Le prieuré ne peut plus faire face à l’afflux toujours croissant des pèlerins. L’église est agrandie et les reliques des abbés sont installées dans un mausolée situé au milieu de la nef. Au XIIe s., le prieuré atteint son apogée avec la naissance d’un bourg, centre de commerce régional important. Il compte alors entre quarante et cinquante moines et de nombreuses dépendances (huit monastères, cinquante églises et dix huit chapelles). Après une période difficile, le prieur Chollet lui donne un nouveau souffle, au XVe s.. Au XVIIe s., le courant réformateur de l’ordre clunisien marque le début de la dernière phase de prospérité durant laquelle les bâtiments conventuels sont reconstruits. La Révolution mutile l’église, devenue paroissiale, ainsi que le tombeau des Bourbons. 
Un impressionnant prieuré
Du Xe au XIIe s., l’église est agrandie selon un plan qui s’inspire de la troisième abbatiale de Cluny : une avant-nef, une nef à double bas-côtés, un double transept et un déambulatoire ouvrant sur des chapelles rayonnantes. Une vague de restaurations est entreprise au XVe s. : l’avant-nef est abattue et un volumineux portail gothique vient masquer la façade ouest de l’église. Les parties hautes de la nef, ses voûtes, son grand transept et son chœur sont reconstruits entre 1432 et 1444. En 1448, une chapelle funéraire pour Charles Ier de Bourbon est élevée dans le bras nord du petit transept. En 1450, une armoire en pierre est érigée dans le bras sud du grand transept pour accueillir les reliques des saints abbés. L’unique galerie du cloître qui demeure gothique. Les bâtiments conventuels sont quant à eux entièrement reconstruits entre 1680 et 1732. La flèche centrale de l’église disparaît à la Révolution. Les fragments de sculpture conservés à Souvigny (reliefs du tombeau de saint Mayeul, colonne du Zodiaque...) s’apparentent au meilleur art de la seconde moitié du XIIe s.