Métamorphoses d’un prieuré jurassien
Un prieuré semble avoir été fondé à Morteau au Xe siècle par la comtesse Alix de Neuchâtel, mais la 1ère mention écrite connue d’un prieuré dédié à Pierre et Paul date de 1105. En 1110, l’église et les terres sont données par Rodolphe de Neuchâtel à son frère Hugues, moine de Cluny, qui devient prieur du nouveau monastère. Amédée de Montfaucon construit de nouveaux bâtiments conventuels et une église entre 1159 et 1174. Un bourg se développe à ses portes et le prieur accorde plusieurs franchises à ses habitants dès la fin du XIIe s. En 1389, Philippe II le Hardi, duc de Bourgogne, octroie des lettres de bourgeoisie aux habitants du val de Morteau. Un nouveau monastère est bâti entre 1409 et 1420. Mais quelques décennies après, un incendie l’endommage : la maison prieurale et l’église sont reconstruites de 1480 à 1500. En 1590 est édifiée la maison Fauche de Domprel, qui devient en 1684 la maison prieurale. L’église est la proie d’un nouvel incendie en 1747. La phase de reconstruction s’échelonne jusqu’en 1785. Six ans plus tard, les moines quittent le prieuré, chassés par la Révolution. 
Un site clunisien ancré dans son histoire
Morteau conserve de son histoire clunisienne de beaux témoignages. D’abord, l’église actuelle, du début du XVe s. Sa nef principale est bordée de deux bas-côtés, dont celui du nord comporte des chapelles latérales, d’époque Renaissance. Son chœur est flanqué de deux chapelles oblongues et éclairé par trois grandes fenêtres ogivales. Le clocher est érigé sur la façade ouest à la fin du XVe s. Il est surmonté du dôme, édifié au XVIIIe s.
Un autre témoignage est la maison Fauche de Domprel, ancien logis du prieur, propriété de la Ville depuis 1793. C’est un très bel exemple d’architecture de la fin du XVIe s. qui abrite les services municipaux ainsi que le célèbre « livre noir » : en 1454 sont consignés dans ce registre lois et règlements généraux de l’administration du val de Morteau, de 1188 à 1639, dont ceux des habitants avec le prieur (jusqu’en 1514). Il contient cinquante six chartes (de 1188 à 1514) ainsi que des lettres de franchise, des sentences arbitrales, des arrêts de parlement... Ce livre doit son nom à sa couverture, formée de deux planchettes de bois recouvertes de cuir noir.
Un héritage clunisien bien singulier !