Sa fondation remonte peut-être au VIe s. Il est originellement placé sous la protection des saints Simon et Jude avant de prendre le nom de Ragnobert, évêque d’Autun de 650 à 659. Construit en dehors de l’enceinte de la ville romaine, près de la porte Saint-André, il est rattaché au prieuré clunisien de La Charité-sur-Loire à la fin du XIe s. ou au début du XIIe s. : le pape Pascal II lui en confirme la possession en 1107. Néanmoins, le statut de Saint-Racho est particulier, puisque son église dépend de la cathédrale d’Autun ; son prieur en est d’ailleurs chanoine. En outre, de la cathédrale, le chapitre se rend quatre fois par an à Saint-Racho en procession. L’établissement n’est pourtant pas florissant : le prieur y est souvent seul, ses bâtiments sont régulièrement en mauvais état et ses finances au plus bas… Au cours du XIVe s., le prieur refuse la visite de l’ordre : il est alors expédié au prieuré de La Charité avant d’être excommunié. En 1699, suite à une chute de pierre dans la prieurale, les reliques de Racho sont transportées dans la cathédrale ; associé à Lazare, il devient le 2ème protecteur de la ville. La prieurale est remplacée en 1767 par une chapelle, qui sera vendue pendant la Révolution.
Saint-Lazare comme seul héritage clunisien
A la fin du XVIIIe s., le souvenir de Saint-Racho disparaît inexorablement du lieu... Il ne subsiste aujourd’hui aucun vestige des prieurés in situ ni aucun élément mobilier pouvant en provenir avec certitude ; tout ce qui peut rester du monastère est intégré dans une maison particulière. Pourtant, la période de fondation de Saint-Racho semble avoir été faste. Son église était faite, au XVIIIe s. encore, de « très belles colonnes (...) de marbre blanc, cannelées et d’autres sans cannelure, de marbre, brèche, chipolin et jaspe avec des bases et chapiteaux corinthiens, aussy de marbre blanc. » (« Lettres de l’Abbé Germain »). En outre, son abside voûtée était décorée d’une mosaïque en verre coloré sur fond d’or... On réutilisa des matériaux antiques pour la bâtir : on espérait sans doute pour elle un autre destin que celui qui fut le sien. Autun conserve néanmoins comme témoin de l’influence architecturale clunisienne l’extraordinaire cathédrale Saint-Lazare, datant de la première moitié du XIIe s., dont dépendait l’église Saint-Racho ; son style conserve l’empreinte de Cluny.